农田中重金属来源从大的方面来分有两个：
一个是农田土壤自身固有的重金属，也就是土壤的重金属背景值，有些地区的农田土壤中本身就含有非常多的重金属。
另一个是外源性的重金属污染。外源性的重金属来源很广，几乎所有能进入农田的物质都能带入或多或少的重金属，并逐步累积起来。
外源性重金属归纳起来，大致可以分为以下6个来源：
1、工业生产排放
工业生产排放的废水、烟尘以及固体废弃物中含有大量重金属，这些重金属会随废水通过灌溉水源（包括地表水和地下水）、雨水、大气沉降等途径进入农田，从而导致农田重金属污染。工业生产排放的重金属对农田重金属污染的贡献率是最 高的，是最 大元凶。
2、污水灌溉
我国是一个水资源十分短缺的国家，仅农业每年缺水就达300亿立方米。为弥补水源的严重不足，利用污水灌溉的现象极为普遍。一些工业污水、城市生活污水以及畜牧废水中含有大量的重金属，使用这些污水灌溉，会引起农田土壤重金属污染。虽然我国政府已经明文规定，禁止利用污水进行灌溉。但现实是，很多被认为是清洁水源的灌溉水，包括地表水和地下水都不同程度的受到了重金属污染，因而这些灌溉水仍然会通过灌溉带入农田一定量的重金属。
3、矿产资源开发
我国矿产资源丰富，数千年的采矿史给人类社会带来了巨大的财富，对于国民经济发展具有十分重要的意义。但是随着矿山开采、冶炼、尾矿、冶炼废渣和矿渣堆放等带入的重金属，已造成矿区及其周边农产品产地土壤重金属的污染，我国农产品产地土壤重金属重度污染区基本都集中在矿区周边。不仅如此，矿区周边农田土壤污染以后，会进一步污染地表水和地下水，从而通过灌溉水源导致更多面积的农田重金属污染。
4、农业投入品施用
肥料和农膜是人们在进行生产活动过程中经常会使用的两大法宝。肥料的使用能大大的提高农田土壤的肥力，提高作物的产量，但是肥料中也含有较多的汞（Hg）、镉（Cd）、砷（As）和铅（Pb），长期施用会造成农田重金属的累积，进而导致农田重金属污染。农膜的使用不仅能有效增温、保水、保肥，改善土壤理化性质，还能够提高土壤肥力，抑制杂草生长，减轻病害。但农膜在制作过程中应用的热稳定剂中含镉（Cd）、铅（Pb），使用后的残膜遗 留在土壤中，会造成农田重金属的污染。此外，污泥农用、畜禽废弃物农用（有机肥）、过量农药施用等也给农产品产地带来不同程度的重金属污染。
5、大气沉降
大气颗粒物降尘可载带多种污染物，如汞（Hg）、砷（As）、镉（Cd）、铅（Pb）、铬（Cr）、镍（Ni）等，这些污染物的长期尘降累积效应必然导致土壤重金属含量增加。
6、固体废弃物堆放
矿业和工业固体废弃物中含有大量的重金属，在堆放过程中，由于风吹日晒，雨水淋蚀，重金属一部分以辐射状、漏斗状向周围土壤扩散，另一部分会随雨水扩散，造成流域附近农田重金属污染。

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